Esther är en alldeles vanlig judisk flicka i en holländsk stad. Hennes bästa vän är Wim, en pojke som bor i närheten. Efter att nazisterna tagit över makten får Esther inte längre leka med Wim, hon får överhuvudtaget inte gå in i parken där de brukade spela fotboll, inte gå i skolan där hon brukade gå och föräldrarna får inte längre sälja varor i sin butik till vem som helst. De kan ändå bo kvar i sitt fina hus mitt i stan, men oron stiger. När Esthers faster och hela hennes familj försvinner bestämmer sig föräldrarna för att de ska försöka gömma sig. Esthers två syskon förs iväg under natten, på morgonen kommer en ung man och hämtar Esther och därefter går föräldrarna själva under jorden. Esther hamnar ute på landet, på en bondgård. Hon hatar det. Hon får namnet Eva och en ny bakgrund som kristen överlevare efter bombningarna av Rotterdamm. Bondfrun är elak och det är smutsigt överallt. Barnen i familjen ser ner på Esther, hon får leva på potatis trots att hon ser att motståndsmännen kommer med kuvert fulla med pengar till familjen varje månad. Esther får inte vara ute, hon sliter hårt i köket och sover i ett rum bredvid hönshuset. Efter att gården utsatts för en razzia, där nazistiska soldater letat efter gömda flyktingar eller andra förbjudna saker, vågar bondfrun inte ha kvar henne och motståndsmännen flyttar henne till ett barnlöst par i en stad. Hos paret finns en hund och ett stort bibliotek, som blir Esthers räddning under de långa dagarna när hon inte får gå ut, men paret lever med en stor sorg som till slut gör frun sjuk. Esther måste flytta igen...
Under de två åren som Esther lever gömd och skild från sina föräldrar skickar hon och hennes mamma små korta brev till varandra via motståndsmännen som kommer med ojämna mellanrum. Men Esther kan aldrig skriva sanningen till mamman. Vare sig när hon har det hemskt eller när hon har det bra. Trots att hela Esthers familj överlever kriget blir det aldrig mer som innan. Det är förlorade år som de aldrig kan få tillbaka, aldrig riktigt kan prata om och som splittrar familjen. För Esther är sorgen efter fastern och kusinerna nästan större än glädjen över att ha sin familj kvar.
Spionen i äppelträdet är en verklighetsbaserad berättelse. Den bygger på den verkliga Esthers livsöde, även om delar av historien kommer från andra gömda flyktingar. I boken är det den gamla Esther som sitter i sitt hus i Israel och berättar för sitt barnbarn om de där åren. Det är en stillsamt berättad historia, även om den stundom är både spännande och gripande. Christina Wahldén har också skrivit en bok om Wim, Esthers barndomskamrat, i Tulpanpojken.
